西暦２０９７年。

人類は怪獣との共存時代を迎え、太平洋上のとある島に怪獣たちの楽園『ゴジラアイランド』を築いた。

それと共に地球政府は防衛軍を解体、災害から人間と怪獣を守る保安部隊Ｇガードをこの島に設置した。

ミサト編・その１

●第一話［ミサト登場篇］

トレマが、Ｘ星の地球攻撃隊長・ザグレスを追って地球を飛び立ち、ゴジラアイランドに平和が戻ってから一年が過ぎた。
平和な毎日にすっかり緊張感を失う司令官。
その時、Ｘ星の暗黒大皇帝が、ランデスという新たなる地球攻撃隊長を地球にさしむけた。
再びゴジラアイランドの征服をたくらんでの事であった。
ランデスは、Ｇガード司令官に降服を迫る。
だが、司令官は、破壊力のある対空レーザー砲があるぞと、ランデスを脅かし、追い返す事に成功する。
しかし、偵察ロボットキャメロンによって、それが今はまだ一発も撃てないことがランデスにばれてしまった。
ついに、ランデスは攻め込んできた。
Ｇガード基地は、このままゴジラもろとも押しつぶされてしまうのかと思われたときである。
使えないはずの対空レーザー砲が火を噴いた。
これに肝をつぶしたランデスは追い払われたのだ。
不思議がる司令官の前に現れたのは新任の怪獣ドクター。
彼女が 対空レーザー砲を治したというのだ。
彼女こそ司令官の娘、神宮司ミサトであった。
ミサトは、ゴジラアイランドの怪獣たちに挨拶をする。
そんなミサトを司令官はこんな危険な島に置いておくことが出来ないので、なんとか追い返そうとする。
しかし、ミサトは、がんとして受け付けない。
そんなとき、再びランデスが現れた。
ランデスは、暗黒大皇帝が、ゴジラアイランドにやたらと執着している事が、気になったのだ。
それは、ゴジラアイランドに重大な秘密があるからに違いないと考え、司令官に問いただした。
だが、司令官は、それを完全に否定したのだ。
一方、ミサトも、「ゴジラアイランドの秘密」が知りたくて、ルーカスやゴジラに問うが、わからない。
その時、空の一角を引き裂いて、大型ミサイルが落下して、大地に深々と突き刺さった。
不発弾かと思われた、そのミサイルから、突然、勢い良く煙が噴出した。
しかし、ゴジラたちはその煙を浴びてもなんの変化もなかった。
引き続き、今度はゴジラアイランド上空に、巨大なラジオが飛来してきた。
しかも、そこから音楽が流れ始めると、怪獣たちはいっせいに踊り始めたのだ。
ミサトは 煙の分析をして、その成分が「ダンスグロビン」であることを発見する。
「ダンスグロビン」とは、一定の音波に反応し、脳細胞を興奮させるモノだった。
ガスを吸ったゴジラたち怪獣は、いつ果てるともないダンス地獄にはまり込んでしまったのだ。
司令官はメカゴジラで、巨大ラジオを破壊するべく出撃するが、逆に巨大ラジオの超音波を浴び、墜落してしまう。
そこでミサトは、高出力の超音波で対抗するという、意表をついた作戦に出て、見事にこれを粉砕する。
怒ったランデスは、今度はＧガード基地を攻撃するために、キングギドラを送り込んで来た。
踊り疲れた疲労困憊の怪獣たちの中で、ゴジラだけがＧガード基地を守るべくが立ち上がった。
そして、壮絶なバトルを展開するのであった。
そこで、妙案を思いついたミサトは、ジェットジャガーに乗り出撃した。
そして、敵の作戦の裏をかき、逆にキングギドラに「ダンスグロビン」を浴びせ、あざやかにこれを撃退するのであった。
（'98年４月６日〜５月１日全20回放映）

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●第二話［二代目モスラ篇］

ミサトは、ランデスと戦うべく新型戦闘機の設計に取り組んでいた。
そのころ、ゴラス火山が大噴火をおこした。
その噴火も落ち着き、ホッとしたとき、崩れた崖の中から巨大なモスラの卵が現れた。
それを見た司令官は、Ｇ島に赴任してきたときのことを思い起こしていた。
当時は、移住してきた怪獣たちの間で、争いが絶えなかった。
モスラとバトラの争いも、そのひとつだった。
モスラは、 バトラから二つの卵を守りきれないと判断し、そのひとつを仮死状態にしてこの島のどこかに隠したのだった。
モスラの秘話を聞いたミサトは、二代目モスラにその卵を託そうと考えた。
引き裂かれていた兄弟の出現に喜ぶモスラだった。
ところがランデスは、これを利用した新たな作戦を立てていた。
あれから一週間がすぎた。
ミサトは、卵に音楽を聴かせていたが、モスラの卵はなかなか孵化しなかった。
その時、デストロイヤとメガロに奇襲をかけられ、卵を奪われてしまうのであった。
モスラの卵は、マタンゴ島に運ばれ、バトラが孵化させて、モスラの親になってしまう作戦だ。
ようやくミサトのタルトクープが完成し、出撃した。
しかし、ついにモスラの卵は孵化してしまう。
そして、バトラを自分の親と思うのであった。
そうとは知らないミサトは、マタンゴ島でベビーモスラを発見し、Ｇ島に連れて帰った。
しかし、ベビーモスラは怪獣たちを吐く糸で次ぎ次ぎと繭に包んで行った。
そして、ベビーモスラはゴジラのジュニアまでも襲い始める。
ジュニアの危機を救うべく、ゴジラがやって来る。
すると今度は、成虫モスラがベビーモスラを助けるべく、飛来して来た。
ゴジラとモスラの対決が始まり、結局は両雄相打ちになってしまう。
そこへ、チャンスとばかりにバトラがやってくる。
Ｇガード基地は、幼虫モスラの吐く糸で、深く繭に埋もれ、全く攻撃機能を失ってしまう。
ここまで見たランデス、ベビーモスラはもはや用済みとばかり、成虫モスラ共々抹殺する事を命令する。
そんな非情な命令を実行するバトラに、ゴジラが怒りが爆発、攻撃をする。
そんな中で、ついにベビーモスラが真実に目覚めた。
再び、デストロイヤとメガロが襲撃してくる。
だが、ゴジラとモスラ兄弟の一致協力により、敵を追い返す事が出来たのだった。
（'98年５月４日〜５月29日全20回放映）

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●第三話［ドロリン篇］

マタンゴ島をパトロールするミサトが出会ったのは、ひたすら修行をするガイガンだった。
ランデスはゴジラに勝ったことのあるガイガンを味方の陣営にスカウトしようとした。
だが、一匹狼のガイガンは、それを拒絶する。
そこで、ランデスは、暗黒大皇帝からプレゼントされた変身怪獣ドロリンを使い、卑怯な作戦を開始する。
ドロリンは、最初にゴジラに化けてガイガンを襲い、今度はガイガンに化けてゴジラを襲い、共倒れをさせようとする。
案の定、策略にはまったゴジラとガイガンの決闘が、サンダ平原で始まってしまった。
そんな隙をついて、手薄になったＧガード基地を、ドロリンが襲ってきたのだ。
ドロリンはやられてもすぐに再生する怪獣だった。
ミサトはドロリンの破片を分析して、弱点を調査する。
ドロリンの攻撃に苦戦する司令官から、ゴジラを呼ぶように言われたルーカスは、たまたまやってきたナオをモゲラに乗せ、伝言を伝えるのだった。
ゴジラは、ドロリンと対決するが再生するので苦戦を強いられた。
そこへ、助太刀にきたのが、好敵手ガイガンだった。
ミサトは、消防ジェットジャガーで出撃。
タッグを組んだゴジラたちは、見事にドロリンを倒すのであった。
（'98年６月１日〜６月12日全10回放映）

●第四話［アンギラス篇］

アンギラスは、自分の棘で、みんなを傷つけまいと群からから離れていた。
そのころ、ゴジラアイランドの秘密を知りたいランデスは、謎のサボテンをゴジラアイランドに送った。
アンギラスは、偶然それを目撃するのであった。
司令官はサボテン公園にすると喜ぶが、その夜、アンギラスはサボテンの攻撃を受ける。
深夜に、サボテンを攻撃したアンギラスを叱る司令官の言葉に、 アンギラスは深く傷つき、ミサトの言葉も聞こうとしない。
一方、広場のサボテンは、怪獣たちにトゲを飛ばし始める。
そのサボテンは、ミサトの分析で怪獣であることが判明した。
だが、時すでに遅し、突如、転がり始める植物怪獣ゴロリン。
ランデスの目的は、ゴロリンにゴジラアイランドの秘密を探ることだった。
ゴジラアイランドを走り回るゴロリンはアンギラスと激突。
ところがアンギラスは堅い背中で跳ね返してしまう。
そこへ、司令官の乗るメカゴジラが現れ、アンギラスに非礼を詫びるのだった。
その司令官を突然ゴロリンが襲って来た。
あわやというとき司令官を守ったのは、アンギラスだった。
ゴロリンを押さえ込むアンギラスの体力の限界がおとずれたとき、やって来たのはナオの操縦するモゲラだった。
モゲラの手に脱毛剤を塗り、それをゴロリンにさし込んだ。
こうして、ゴロリンを倒すことが出来たのである。
（'98年６月15日〜６月26日全10回放映）

●第五話［スペースゴジラの悪霊再び篇］

ゴジラに似た怪獣を鬼が森で見たナオが言った。
ミサトは、その鬼が森へ向かうと、ゴロザウルスが倒れているのを発見する。
ここは、かつてゴジラがスペースゴジラの悪霊にとりつかれた因縁の場所であった。
司令官は、そのスペースゴジラの悪霊の復活を懸念する。
と、その時、頼みの怪獣神社が火災で焼失してしまった。
怪獣神社に放火したのは誰なのか？謎は深まる。
写真に写らぬ悪霊に手をこまねく司令官。
そして、今度は、ラドンが仮死状態で発見された。
すっかり疑心暗鬼にかられ、喧嘩を始めるバラゴンとアンギラス。
その時、霧が発生し、キングシーサーの背後にスペースゴジラの悪霊が出現した。
次々と怪獣にのりうつるスペースゴジラの悪霊の恐怖が蘇り、怪獣たちは恐怖に逃げ出すのであった。
ミサトは、一連の事件に疑問をいだき、ガバラ池を調査する。
案の定、池は毒物で汚染されていたのだ。
そのころ、スペースゴジラの悪霊が、Ｇガード基地に出現した。
だが、悪霊の正体が霧に映したスペースゴジラの映像であることが、ミサトの捜査で判明した。
しかし、一件落着したの持つかのま、なんと本物のスペースゴジラが出現したのだ。
それは、暗黒大皇帝がランデスの失敗を見越して、あらかじめ潜入させていたものだった。
そのスペースゴジラはとてつもなく強かった。
そこでミサトは、消防ジェットジャガーで煙幕を張った。
すると、今度は超巨大ゴジラが出現したのだ。
それを見たスペースゴジラは分が悪いと、そそくさと退散してしまう。
これは機転を効かせたミサトが、ランデスの作戦を利用して、ゴジラの映像を霧に映したものだった。
（'98年６月29日〜７月10日全10回放映）

◆第２シーズン【ミサト編・その２】へつづく